В конце 1950-х годов Соловки стали доступны для посещения. Приезжавших поражало бедственное состояние монастыря. Все громче стали раздаваться голоса в защиту Соловков, которые нужно было срочно спасать от разрухи. В том, что власти обратили внимание на Соловки, большая заслуга директора местной школы П. В. Виткова, президента Академии наук СССР А. Н. Несмеянова, ученых А. А. Преображенского, Г. Г. Фруменкова, А. А. Спасского, С. Э. Шноля, писателей Ю. Казакова, В. Бианки и др.

С середины 1960-х годов на Соловках начались ремонтно-консервационные, а затем и реставрационные работы. Архитекторами Центральных научно-реставрационных мастерских была проведена огромная работа по обследованию, изучению, разработке проектов реставрации памятников на территории монастыря. Под их руководством рабочие небольшого Соловецкого реставрационного участка освободили исторические постройки от завалов мусора, вывели их из аварийного состояния, после чего были восстановлены трапезный комплекс, Спасо-Преображенский собор, крепость, портная и чоботная палаты, частично святительский корпус и другие памятники.

В 1967 году был образован Соловецкий историко-архитектурный музей-заповедник. Сначала лишь как филиал Архангельского областного краеведческого музея. В конце 1974 года он был реорганизован в историко-архитектурный и природный музей-заповедник.

За годы своего существования музеем-заповедником проведена большая и разносторонняя работа: обследованы территории Поморья, исторически связанные с Соловецким монастырем, собран большой материал по промыслам, ремеслам, истории монастыря. Исследованы исторические материалы в архивах страны, создан ряд интересных экспозиций. Много сделано по изучению и сохранению архитектурного наследия и природы Соловков.

В 1991 году комплекс памятников архитектуры Соловецкого архипелага включен в Список памятников всемирного культурного наследия ЮНЕСКО, а в 1995 году - в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.