20 апреля 2012 года, в пятницу Светлой седмицы, духовник монастыря игумен Герман (Чеботарь) отслужил водосвятный молебен у Поклонного креста в Филипповой пустыни. День иконы Божией Матери «Живоносный Источник» - престольный праздник храма, который был построен в 1854 году на месте часовни. Именно здесь в 1565 году святителю Филиппу во время молитвы явился Спаситель в терновом венце, обагренном кровью. Впоследствии на этом месте появился живоносный источник над которым был построена часовня, а затем - храм.
Во времена лагеря Филиппова пустынь была разорена: на ее территории были организованы зверосовхоз и биостанция.
Об этом периоде пишет в своих воспоминаниях Ольга Второва-Яфа:
«Но и в эту ночь мне не скоро суждено было уснуть: стук в дверь поднял меня с постели, и, торопливо натянув шубу поверх рубашки, я с удивлением впустила незнакомого посетителя. Он вручил мне пачку писем с новогодними приветами от моих друзей из Кеми и Соловецкого кремля, пояснив, что только что прибыл в Анзер в кратковременную командировку, а с неделю тому назад был в Кеми и познакомился там с моими друзьями <…>
Петербуржец, как и я, он был историк-медиевист, а здесь, в лагере, заведовал питомником пушных зверей и в связи с этим вёл такой кочевой образ жизни, расселяя своих питомцев по всему Соловецкому архипелагу: на Анзер он привёз сейчас партию песцов, в Кемь ездил за выписанными из Америки породистыми бобрами.
Мы делились опытом и впечатлениями лагерной жизни, которые во многом у нас были схожи.
- Соловки - страна чудовищно-жутких контрастов, - говорил он. - Я живу в Филипповой пустыни, где некогда спасался митрополит Филипп. Сейчас там находится зоопитомник, а для обслуживания его туда выделены самые подонки соловецкого населения, и то, что сейчас там творится, превосходит позор всякого публичного дома, всякого воровского притона.
Контраст между тем, чем было в течение веков это место, освящённое молитвами спасавшихся там праведников и многих тысяч паломников, и тем, что теперь там происходит, чудовищен, оскорбителен для каждого, в ком ещё живо религиозное чувство или хотя бы уважение к нашему историческому прошлому. А мне этот контраст представляется порой не случайным, а преисполненным какого-то глубокого значения: он словно символизирует наше всеобщее современное духовное и моральное падение, вопиет об искуплении, о спасении - не этих только жалких и случайных жертв нашего беспринципного времени, а всего многострадального русского народа, который когда-то было принято называть народом-богоносцем и который сейчас так глубоко пал, замученный и поруганный. Не в этом ли горниле греха и страданий - искупление, путь к очищению, на котором, может быть, мы снова обретём своего Бога…
- Вы знаете, - перебила я его, - та же аналогия напрашивалась и мне, когда я, приехав сюда, увидела превращённый в руины обезглавленный и обескрещенный Соловецкий кремль. Ведь я была здесь и раньше, до революции, и ещё видела его таким, каким он был прежде <…>, когда монахи были ещё здесь полными хозяевами, а богомольцы и богомолки благоговели перед каждой чайкой, каждой веточкой незабудок. Но ведь, в сущности, их благоговение было довольно элементарно: они приезжали в Соловки, как ездят в санаторий - для исцеления своих душевных и телесных недугов.
В вашей Филипповой пустыни всегда была очередь перед камнем, который, по преданию, служил изголовьем преподобному Филиппу, потому что считалось, что стоит только обойти часовню посолонь с этим камнем на голове - навсегда исцелишься от головной боли. Такая детски наивная и чистая вера, конечно, трогательна и прекрасна, но всё же эти люди искали здесь лишь избавления от своих страданий, а не самоотречения и бескорыстного подвига веры, какие мы видим здесь сейчас. Потому что наряду с теми «подонками», о которых вы говорили, сколько здесь добровольных, стойких и самоотверженных мучеников и мучениц за веру, и ещё не известно, что перевесит в конечном итоге славной истории Соловков и послужит к их вящему прославлению - тот ли период существования монастыря, когда никто и не посягал на его святость и когда Соловецкий кремль выглядел таким живописным, нарядным и благополучным, - или когда теперь он стоит поруганный, обезглавленный и обескрещенный, в мученическом венце, безмолвным свидетелем всего, что здесь теперь творится. Не служит ли он символом того самого очищения через горнило страдания, о котором вы говорите, очищения веры от всего наслоившегося на неё, чисто бытового и граничащего с суеверием? А слепыми орудиями этого обновления и очищения веры оказываются ее гонители - так оно, впрочем, и прежде всегда было. Ведь, в сущности, и самый крест - этот символ христианства - в своё время был не более чем орудием позорной казни и самого кощунственного надругательства над Богом и Человеком, какое когда-либо было в мире…
Своего ночного посетителя я больше никогда не видела, хотя, прощаясь, он предполагал вскоре снова побывать на Анзере и обещал навестить меня. Говорили, что, вернувшись в Филиппову пустынь, он заболел сыпняком и, хотя и выжил, но перенёс тяжёлые осложнения и навсегда остался нетрудоспособным - глухим и разбитым инвалидом. Я слышала потом, что спустя несколько лет он умер в тюрьме».
В 2002 году в пустыни на том месте, где некогда стоял храм был воздвигнут поклонный крест, изготовленный в монастырской мастерской и установленный по традиции в деревянном срубе. Сейчас в связи с архиологическими раскопками и реставрационными работами крест перенесен на горку, где когда-то была келлия свт. Филиппа, а над источником устроен колодец.