По заказу монастыря реставрируется сразу несколько зданий на территории центрального комплекса обители. Основной объем работ выполняет научно-исследовательский и проектно – производственный кооператив «Палата», руководит которым главный архитектор Центральных научно-реставрационных проектных мастерских Министерства культуры РФ Владимир Васильевич Сошин. В реставрации заняты не только постоянные сотрудники этой организации, но и их бессменные помощники – студенты физфака МГУ. Студенческий строительный отряд (ССО) работает на Соловках уже 40-ой сезон.
В год 500-летия со дня рождения святителя Филиппа приводится в порядок Трапезная палата – одно из первых «Филипповых строений». Реставраторы удалили штукатурку и ввели специальный раствор, уничтожающий плесень. Палата будет заново оштукатурена и побелена. Работы должны завершиться к престольному празднику обители.
В одном из подклетов Трапезной, в бывшей церкви во имя Рождества Пресвятой Богородицы, будет устроена часовня. На этом месте святому Филиппу явилась икона Божией матери, названная впоследствии «Хлебенной (Запечной)». В часовне силами «Палаты» будет создан временный иконостас. Реставрация интерьера проводится Соловецким музеем-заповедником. Обустройство часовни – совместный проект монастыря и музея-заповедника, который осуществляется на благотворительные средства ЗАО «Объединение ИНГЕОКОМ». Окончание работ планируется также в августе. После реставрации и освящения часовня будет открыта для свободного посещения.
Реставраторы «Палаты» выполняют и несколько долгосрочных проектов. Началось восстановление Свято-Троицкого собора. Производится вычинка кирпича на столбах и стенах. Необходимо основательно укрепить нижнюю часть храма и только затем можно будет восстанавливать его массивный центральный барабан и главы. Реставрация собора продлится не один год. В планах – восстановление инженерных сетей, затем – мощение полов и отделка стен, и, наконец, – создание иконостаса и выполнение настенной живописи.
На несколько лет рассчитана и реставрация Казначейского корпуса. Сначала будут проведены противоаварийные работы, в первую очередь укрепление стен и сводов первого яруса. В последующие годы - отделка фасадов и интерьеров. По завершении реставрации корпус будет использоваться для хозяйственных целей.
Силами братии монастыря и паломников, приехавших в обитель потрудиться, производится ремонт алтаря Спасо-Преображенского собора. По окончании ремонта в алтаре будет установлен изготовленный в кресторезной мастерской новый резной престол из кипариса.