В мае 1920 года монастырь был закрыт, и вскоре на Соловках были созданы две организации: лагерь принудительных работ для заключения военнопленных Гражданской войны и лиц, осужденных на принудительные работы, и совхоз «Соловки». На момент закрытия монастыря в нем проживали 571 человек (246 монахов, 154 послушника и 171 трудник). Часть из них покинули острова, но почти половина остались, и они стали работать вольнонаемными в совхозе.

После 1917 года новые власти стали рассматривать богатый Соловецкий монастырь как источник материальных ценностей, многочисленные комиссии беспощадно разоряли его. Одна только Комиссия помощи голодающим в 1922 году вывезла 84 с лишним пуда серебра, почти 10 фунтов золота, 1988 драгоценных камней. При этом варварски обдирались оклады с икон, выковыривались из митр и облачений драгоценные камни. К счастью, благодаря сотрудникам Наркомпроса Н. Н. Померанцеву, П. Д. Барановскому, Б. Н. Моласу, А. В. Лядову, удалось вывезти в центральные музеи многие бесценные памятники из монастырской ризницы.

В конце мая 1923 года на территории монастыря произошел очень сильный пожар, который продолжался три дня и нанес непоправимый ущерб многим древним сооружениям монастыря.

В начале лета 1923 года Соловецкие острова были переданы ОГПУ, и здесь организовали Соловецкий лагерь принудительных работ особого назначения (СЛОН). Лагерю были переданы почти все постройки и угодья монастыря, было принято решение «признать необходимым ликвидацию всех находящихся в Соловецком монастыре церквей, считать возможным использование церковных зданий для жилья, считаясь с остротой жилищного положения на острове».

7 июня 1923 года на Соловки прибыла первая партия заключенных. Вначале все заключенные мужчины содержались на территории монастыря, а женщины – в деревянной Архангельской гостинице, но очень скоро лагерем были заняты все монастырские скиты, пустыни и тони. А уже через два года лагерь «выплеснулся» на материк и к концу 20-х годов занял огромные пространства Кольского полуострова и Карелии, а сами Соловки стали лишь одним из 12 отделений этого лагеря, игравшего заметную роль в системе ГУЛАГ.

За время существования лагерь претерпел несколько реорганизаций. С 1934 года Соловки стали VIII отделением Беломорско-Балтийского канала, а в 1937 году реорганизованы в Соловецкую тюрьму ГУГБ НКВД, которая была закрыта в самом конце 1939 года.

За 16 лет существования на Соловках лагеря и тюрьмы через острова прошли десятки тысяч заключенных, среди которых представители известных дворянских фамилий и интеллигенции, крупные ученые самых разных отраслей знаний, военные, крестьяне, писатели, художники, поэты. Соловки стали местом ссылки многих иерархов, священнослужителей, монашествующих Русской Православной Церкви и мирян, пострадавших за веру Христову. В лагере они были примером истинного христианского милосердия, нестяжательства, доброты и душевного спокойствия. Даже в самых тяжелых условиях священники до конца старались исполнить свой пастырский долг, оказывая духовную и материальную помощь тем, кто находился рядом.

На сегодня нам известны имена более 80 митрополитов, архиепископов и епископов, более 400 иеромонахов и приходских священников – узников Соловков. Многие их них скончались на островах от болезней и голода или были расстреляны в Соловецкой тюрьме, другие погибли позднее. На Юбилейном Соборе 2000 года и позднее, около 60 из них были прославлены для общецерковного почитания в лике святых новомучеников и исповедников Российских. Среди них такие выдающиеся иерархи и деятели Русской Православной Церкви, как священномученики Евгений (Зернов), митрополит Горьковский († 1937), Иларион (Троицкий), архиепископ Верейский († 1929), Петр (Зверев), архиепископ Воронежский († 1929), Прокопий (Титов), архиепископ Одесский и Херсонский († 1937), Аркадий (Остальский), епископ Бежецкий († 1937), священноисповедник Афанасий (Сахаров), епископ Ковровский († 1962), мученик Иоанн Попов, профессор Московской духовной академии († 1938) и многие другие.